River Plate

Anh đá trận đầu tiên trong màu áo River Plate ở mùa bóng 1993-94, ghi 13 bàn trong 25 lần ra sân ở giải vô địch. Anh giúp River Plate giành được chức vô địch Apertura, giải thứ hai trong hai giải vô địch được tổ chức hàng năm ở Argentina mùa bóng đó. Anh còn cùng River đoạt được một danh hiệu Apertura nữa vào năm 1994. Năm 1996, Crespo với River giành Cúp Libertadores, Cúp vô địch các câu lạc bộ Nam Mỹ, ghi hai bàn trong trận chung kết lượt đi trên sân nhà ở Buenos Aires.

Parma

Anh rời River Plate tới Parma, một câu lạc bộ của Ý, vào tháng 8 năm 1996, sau khi cùng Argentina giành huy chương bạc Thế vận hội tại Atlanta, cùng với danh hiệu vua phá lưới của giải với 6 bàn. Tháng 5 năm 1997, dưới sự dẫn dắt của Carlo Ancelotti, Crespo cùng Parma xếp thứ nhì tại Serie A, ghi 12 bàn trong 27 trận. Năm 1999, anh cùng câu lạc bộ giành được Cúp Quốc gia và Cúp UEFA (trong trận chung kết gặp Olympique de Marseille, Crespo ghi bàn thắng mở tỉ số, góp phần vào chiến thắng chung cuộc 3-0).

Lazio

Năm 2000, sau 4 năm thành công với Parma, Crespo được Lazio mua về, phá vỡ kỉ lục chuyển nhượng thế giới lúc bấy giờ với giá 35 triệu bảng Anh (Lazio trả bằng tiền mặt 16 triệu bảng Anh cộng thêm hai cầu thủ Matías Almeyda và Sérgio Conceição).[2] Anh kết thúc mùa bóng đầu tiên ở Lazio với danh hiệu "Vua phá lưới" Serie A với 26 bàn. Sau đó, do gặp khó khăn về tài chính, Lazio đã phải bán một số cầu thủ trụ cột như Alessandro Nesta sang AC Milan và cả Crespo.

Inter Milan

Tháng 9 năm 2002, Crespo chuyển tới Inter Milan (để thay thế cho Ronaldo đến Real Madrid), với giá 20 triệu euro cộng thêm Bernardo Corradi[3]. Tại mùa bóng duy nhất ở câu lạc bộ, anh ghi 7 bàn trong 18 trận ở Serie A và 9 bàn trong 12 trận ở Champions League. Một chấn thương nặng đầu năm 2003 buộc anh rời sân cỏ trong 4 tháng.

Chelsea

Crespo chuyển đến Chelsea vào ngày 26 tháng 8 năm 2003 với phí chuyển nhượng 16,8 triệu £.[4] Anh có bàn thắng đầu tiên cho Chelsea khi lập được cú đúp trong chiến thắng 5-0 trước Wolverhampton ngày 20 tháng 9 [5]. Mùa giải đầu tiên tại Chelsea, anh chỉ được vào sân trong 31 trận (trong đó có 19 trận ở Giải Ngoại hạng) và ghi được 12 bàn. Sau khi huấn luyện viên José Mourinho đến dẫn dắt Chelsea ở mùa giải 2004-05, Crespo bị đem cho AC Milan mượn và tại đây anh có dịp gặp lại người thầy cũ Carlo Ancelotti. Tại AC Milan, Crespo đã thi đấu xuất sắc khi có 10 bàn ở Serie A và đặc biệt là 2 bàn thắng trong trận chung kết UEFA Champions League 2004-05 với Liverpool tuy nhiên AC Milan chung cuộc đã thua Liverpool 6-5 trên loạt sút luân lưu.

Mùa giải 2005-06, huấn luyện viên Mourinho đã gọi Crespo trở lại từ Milan thay vì tìm kiếm những hợp đồng mới.[6] Bàn thắng đầu tiên của anh tại Premier League 2005-06 là bàn thắng đẳng cấp ở phút cuối trận giúp Chelsea đánh bại Wigan Athletic 1-0 [7] Tuy nhiên. trong mùa bóng này, anh đã không thể bắt nhịp được với đồng đội và khó cạnh tranh một vị trí chính thức và luôn phải ra sân ở ghế dự bị. Anh chỉ có 13 bàn thắng ở mùa giải này và cuối mùa cùng Chelsea giành được danh hiệu vô địch Premier League.

Trong suốt thời gian thi đấu cho Chelsea, Crespo chỉ ra sân trong đội hình xuất phát 33 lần tại Premier League và ghi được 25 bàn thắng ở tất các các giải đấu. Theo tính toán, mỗi lần ra sân của Crespo trong màu áo Chelsea trị giá 1 triệu bảng và 1 bàn thắng của anh có giá trị tới 1,3 triệu bảng.[8]

Internazionale

Sau nhiều lần công khai lên tiếng mong muốn được trở lại Ý thi đấu, ngày 7 tháng 8 năm 2006, Crespo đã được Chelsea đồng ý cho chuyển tới thi đấu trong màu áo Inter Milan với bản hợp đồng cho mượn có thời hạn hai năm trong đó Chelsea có quyền gọi Crespo trở lại sau một mùa giải.[9] Anh có bàn thắng thứ 125 tại Serie A vào ngày 2 tháng 12 trong chiến thắng 2-0 trước AC Siena.[10]